Fetch neuprint metadata for malecns neurons
Usage
mcns_neuprint_meta(
ids = NULL,
conn = mcns_neuprint(),
roiInfo = FALSE,
simplify.xyz = TRUE,
cache = NA,
...
)Arguments
- ids
body ids. When missing all bodies known to DVID are returned.
- conn
Optional, a
neuprint_connectionobject, which also specifies the neuPrint server. Defaults tomanc_neuprint()to ensure that query is against the VNC dataset.- roiInfo
whether to include the
roiInfofield detailing synapse numbers in different locations. This is omitted by default as it is returned as a character vector of unprocessed JSON.- simplify.xyz
Whether to simplify columns containing XYZ locations to a simple
"x,y,z"format rather than a longer form referencing a schema atspatialreference.org. Defaults toTRUE.- cache
whether to cache the query. When
cache=NA(the default) queries are cached for neuprint snapshot versions (but not production datasets). See details.- ...
Additional arguments passed to
neuprint_get_meta
Value
A data.frame with one row for each (unique) input id and NAs for all columns except bodyid when neuprint holds no metadata.
Details
in contrast to malevnc::manc_neuprint_meta we leave
bodyids as numeric (doubles) since flyem now guarantee them to be less than
2^53 i.e. within the range in which doubles can exactly represent numeric
ids.
See also
Other annotations:
mcns_body_annotations(),
mcns_dvid_annotations(),
mcns_soma_side()
Examples
# \donttest{
library(dplyr)
# fetch metatada for all bodies in neuprint
mnm=mcns_neuprint_meta()
#> Error in manc_dvid_node("neuprint"): Unable to find neuprint node
# fetch metadata for all bodies with a somaLocation
mnm.soma=mcns_neuprint_meta("where:exists(n.somaLocation)")
# type or instance present
mnm.ti <- mcns_neuprint_meta('where:exists(n.type) OR exists(n.instance)')
# neurons without a superclass but quite a few synapses
mnm.nc=mcns_neuprint_meta("where:NOT exists(n.superclass) AND n.synweight>2000")
mnm.nc %>% arrange(desc(synweight))
#> bodyid post pre downstream upstream synweight flywireType group
#> 1 957899 1776 1343 5431 1776 7207 <NA> NA
#> 2 955684 589 809 5744 589 6333 <NA> NA
#> 3 519161 2401 322 2717 2401 5118 <NA> NA
#> 4 511780 1175 423 3721 1175 4896 <NA> NA
#> 5 555297 236 604 3882 236 4118 <NA> NA
#> 6 88667 1908 225 1724 1908 3632 <NA> NA
#> 7 806539 202 447 3169 202 3371 <NA> NA
#> 8 73540 332 322 3016 332 3348 <NA> NA
#> 9 926152 1134 321 2087 1134 3221 <NA> NA
#> 10 66613 1686 245 1527 1686 3213 <NA> NA
#> 11 956675 55 421 3139 55 3194 <NA> NA
#> 12 92244 1753 222 1426 1753 3179 <NA> NA
#> 13 942401 351 465 2705 351 3056 <NA> NA
#> 14 955927 163 401 2644 163 2807 <NA> NA
#> 15 523480 1037 211 1766 1037 2803 <NA> NA
#> 16 104626 53 318 2732 53 2785 <NA> NA
#> 17 559672 1395 247 1385 1395 2780 <NA> NA
#> 18 807703 1400 292 1343 1400 2743 <NA> NA
#> 19 110922 62 267 2640 62 2702 <NA> NA
#> 20 114076 150 300 2529 150 2679 <NA> NA
#> 21 516174168 128 319 2472 128 2600 <NA> NA
#> 22 955155 609 302 1982 609 2591 <NA> NA
#> 23 955615 450 382 2109 450 2559 <NA> NA
#> 24 118423 101 259 2436 101 2537 <NA> NA
#> 25 954991 392 308 2124 392 2516 <NA> NA
#> 26 147605 1180 183 1207 1180 2387 <NA> NA
#> 27 956674 868 281 1506 868 2374 <NA> NA
#> 28 954995 399 305 1971 399 2370 <NA> NA
#> 29 555267 64 289 2300 64 2364 <NA> NA
#> 30 210839 70 268 2294 70 2364 <NA> NA
#> 31 908376 26 235 2318 26 2344 <NA> NA
#> 32 813118 1244 232 1030 1244 2274 <NA> NA
#> 33 809279 107 279 2117 107 2224 <NA> NA
#> 34 909276 57 275 2131 57 2188 <NA> NA
#> 35 810259 74 256 2039 74 2113 <NA> NA
#> 36 544325 238 254 1820 238 2058 <NA> NA
#> 37 147742 257 204 1790 257 2047 <NA> NA
#> 38 903906 52 327 1983 52 2035 <NA> NA
#> 39 946550 949 128 1067 949 2016 <NA> NA
#> hemibrainType name itoleeHl somaSide statusLabel superclass
#> 1 <NA> <NA> <NA> <NA> Will be merged <NA>
#> 2 <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA>
#> 3 <NA> KC_L_fragment <NA> L Orphan <NA>
#> 4 <NA> <NA> <NA> <NA> Will be merged <NA>
#> 5 <NA> <NA> <NA> <NA> Orphan <NA>
#> 6 <NA> <NA> <NA> <NA> Will be merged <NA>
#> 7 <NA> <NA> <NA> <NA> Orphan-artifact <NA>
#> 8 <NA> <NA> <NA> <NA> PRT Orphan <NA>
#> 9 <NA> <NA> <NA> <NA> Orphan-artifact <NA>
#> 10 <NA> <NA> <NA> <NA> Will be merged <NA>
#> 11 <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA>
#> 12 <NA> <NA> <NA> <NA> Orphan <NA>
#> 13 <NA> <NA> <NA> <NA> Orphan-artifact <NA>
#> 14 <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA>
#> 15 <NA> <NA> <NA> <NA> Will be merged <NA>
#> 16 <NA> <NA> <NA> <NA> Anchor <NA>
#> 17 <NA> <NA> <NA> <NA> Orphan <NA>
#> 18 <NA> <NA> <NA> <NA> Will be merged <NA>
#> 19 <NA> <NA> <NA> <NA> Anchor <NA>
#> 20 <NA> <NA> <NA> <NA> Orphan <NA>
#> 21 <NA> <NA> <NA> <NA> PRT Orphan <NA>
#> 22 <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA>
#> 23 <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA>
#> 24 <NA> <NA> <NA> <NA> Orphan <NA>
#> 25 <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA>
#> 26 <NA> <NA> <NA> <NA> Orphan <NA>
#> 27 <NA> <NA> <NA> <NA> Partially traced <NA>
#> 28 <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA>
#> 29 <NA> <NA> <NA> <NA> Orphan <NA>
#> 30 <NA> <NA> <NA> <NA> PRT Orphan <NA>
#> 31 <NA> <NA> <NA> <NA> Orphan-artifact <NA>
#> 32 <NA> <NA> <NA> <NA> Will be merged <NA>
#> 33 <NA> <NA> <NA> <NA> Orphan-artifact <NA>
#> 34 <NA> <NA> <NA> <NA> Orphan-artifact <NA>
#> 35 <NA> <NA> <NA> <NA> Orphan-artifact <NA>
#> 36 <NA> <NA> <NA> <NA> RT Hard to trace <NA>
#> 37 <NA> <NA> <NA> <NA> Orphan <NA>
#> 38 <NA> <NA> <NA> <NA> Orphan-artifact <NA>
#> 39 <NA> <NA> <NA> <NA> Orphan <NA>
#> supertype type class entryNerve fruDsx matchingNotes rootSide assignedOlHex1
#> 1 <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> NA
#> 2 <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> NA
#> 3 <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> NA
#> 4 <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> NA
#> 5 <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> NA
#> 6 <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> NA
#> 7 <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> NA
#> 8 <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> NA
#> 9 <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> NA
#> 10 <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> NA
#> 11 <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> NA
#> 12 <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> NA
#> 13 <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> NA
#> 14 <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> NA
#> 15 <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> NA
#> 16 <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> NA
#> 17 <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> NA
#> 18 <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> NA
#> 19 <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> NA
#> 20 <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> NA
#> 21 <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> NA
#> 22 <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> NA
#> 23 <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> NA
#> 24 <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> NA
#> 25 <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> NA
#> 26 <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> NA
#> 27 <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> NA
#> 28 <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> NA
#> 29 <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> NA
#> 30 <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> NA
#> 31 <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> NA
#> 32 <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> NA
#> 33 <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> NA
#> 34 <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> NA
#> 35 <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> NA
#> 36 <NA> <NA> <NA> aPhN <NA> <NA> R NA
#> 37 <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> NA
#> 38 <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> NA
#> 39 <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> NA
#> assignedOlHex2 mancBodyid mancGroup mancType somaNeuromere subclass trumanHl
#> 1 NA NA NA <NA> <NA> <NA> <NA>
#> 2 NA NA NA <NA> <NA> <NA> <NA>
#> 3 NA NA NA <NA> <NA> <NA> <NA>
#> 4 NA NA NA <NA> <NA> <NA> <NA>
#> 5 NA NA NA <NA> <NA> <NA> <NA>
#> 6 NA NA NA <NA> <NA> <NA> <NA>
#> 7 NA 153319 NA <NA> <NA> <NA> <NA>
#> 8 NA NA NA <NA> <NA> <NA> <NA>
#> 9 NA 11325 NA <NA> <NA> <NA> <NA>
#> 10 NA NA NA <NA> <NA> <NA> <NA>
#> 11 NA NA NA <NA> <NA> <NA> <NA>
#> 12 NA NA NA <NA> <NA> <NA> <NA>
#> 13 NA NA NA <NA> <NA> <NA> <NA>
#> 14 NA NA NA <NA> <NA> <NA> <NA>
#> 15 NA NA NA <NA> <NA> <NA> <NA>
#> 16 NA NA NA <NA> <NA> <NA> <NA>
#> 17 NA NA NA <NA> <NA> <NA> <NA>
#> 18 NA NA NA <NA> <NA> <NA> <NA>
#> 19 NA NA NA <NA> <NA> <NA> <NA>
#> 20 NA NA NA <NA> <NA> <NA> <NA>
#> 21 NA NA NA <NA> <NA> <NA> <NA>
#> 22 NA NA NA <NA> <NA> <NA> <NA>
#> 23 NA NA NA <NA> <NA> <NA> <NA>
#> 24 NA NA NA <NA> <NA> <NA> <NA>
#> 25 NA NA NA <NA> <NA> <NA> <NA>
#> 26 NA NA NA <NA> <NA> <NA> <NA>
#> 27 NA NA NA <NA> <NA> <NA> <NA>
#> 28 NA NA NA <NA> <NA> <NA> <NA>
#> 29 NA NA NA <NA> <NA> <NA> <NA>
#> 30 NA NA NA <NA> <NA> <NA> <NA>
#> 31 NA NA NA <NA> <NA> <NA> <NA>
#> 32 NA NA NA <NA> <NA> <NA> <NA>
#> 33 NA 16226 NA <NA> <NA> <NA> <NA>
#> 34 NA 28494 NA <NA> <NA> <NA> <NA>
#> 35 NA 29891 NA <NA> <NA> <NA> <NA>
#> 36 NA NA NA <NA> <NA> <NA> <NA>
#> 37 NA NA NA <NA> <NA> <NA> <NA>
#> 38 NA NA NA <NA> <NA> <NA> <NA>
#> 39 NA NA NA <NA> <NA> <NA> <NA>
#> dimorphism synonyms birthtime mancSerial mcnsSerial exitNerve serialMotif
#> 1 <NA> <NA> <NA> NA NA <NA> <NA>
#> 2 <NA> <NA> <NA> NA NA <NA> <NA>
#> 3 <NA> <NA> <NA> NA NA <NA> <NA>
#> 4 <NA> <NA> <NA> NA NA <NA> <NA>
#> 5 <NA> <NA> <NA> NA NA <NA> <NA>
#> 6 <NA> <NA> <NA> NA NA <NA> <NA>
#> 7 <NA> <NA> <NA> NA NA <NA> <NA>
#> 8 <NA> <NA> <NA> NA NA <NA> <NA>
#> 9 <NA> <NA> <NA> NA NA <NA> <NA>
#> 10 <NA> <NA> <NA> NA NA <NA> <NA>
#> 11 <NA> <NA> <NA> NA NA <NA> <NA>
#> 12 <NA> <NA> <NA> NA NA <NA> <NA>
#> 13 <NA> <NA> <NA> NA NA <NA> <NA>
#> 14 <NA> <NA> <NA> NA NA <NA> <NA>
#> 15 <NA> <NA> <NA> NA NA <NA> <NA>
#> 16 <NA> <NA> <NA> NA NA <NA> <NA>
#> 17 <NA> <NA> <NA> NA NA <NA> <NA>
#> 18 <NA> <NA> <NA> NA NA <NA> <NA>
#> 19 <NA> <NA> <NA> NA NA <NA> <NA>
#> 20 <NA> <NA> <NA> NA NA <NA> <NA>
#> 21 <NA> <NA> <NA> NA NA <NA> <NA>
#> 22 <NA> <NA> <NA> NA NA <NA> <NA>
#> 23 <NA> <NA> <NA> NA NA <NA> <NA>
#> 24 <NA> <NA> <NA> NA NA <NA> <NA>
#> 25 <NA> <NA> <NA> NA NA <NA> <NA>
#> 26 <NA> <NA> <NA> NA NA <NA> <NA>
#> 27 <NA> <NA> <NA> NA NA <NA> <NA>
#> 28 <NA> <NA> <NA> NA NA <NA> <NA>
#> 29 <NA> <NA> <NA> NA NA <NA> <NA>
#> 30 <NA> <NA> <NA> NA NA <NA> <NA>
#> 31 <NA> <NA> <NA> NA NA <NA> <NA>
#> 32 <NA> <NA> <NA> NA NA <NA> <NA>
#> 33 <NA> <NA> <NA> NA NA <NA> <NA>
#> 34 <NA> <NA> <NA> NA NA <NA> <NA>
#> 35 <NA> <NA> <NA> NA NA <NA> <NA>
#> 36 <NA> <NA> <NA> NA NA <NA> <NA>
#> 37 <NA> <NA> <NA> NA NA <NA> <NA>
#> 38 <NA> <NA> <NA> NA NA <NA> <NA>
#> 39 <NA> <NA> <NA> NA NA <NA> <NA>
#> receptorType somaLocation tosomaLocation status totalNtPredictions
#> 1 <NA> <NA> Anchor 1343
#> 2 <NA> <NA> <NA> 809
#> 3 <NA> <NA> Orphan 322
#> 4 <NA> <NA> Anchor 423
#> 5 <NA> <NA> Orphan 604
#> 6 <NA> <NA> Anchor 225
#> 7 <NA> <NA> Orphan 447
#> 8 <NA> <NA> Traced 322
#> 9 <NA> <NA> Orphan 321
#> 10 <NA> <NA> Anchor 245
#> 11 <NA> <NA> <NA> 421
#> 12 <NA> <NA> Orphan 222
#> 13 <NA> <NA> Orphan 465
#> 14 <NA> <NA> <NA> 401
#> 15 <NA> <NA> Anchor 211
#> 16 <NA> <NA> Anchor 318
#> 17 <NA> <NA> Orphan 247
#> 18 <NA> 45776,42898,124070 <NA> Anchor 292
#> 19 <NA> <NA> Anchor 267
#> 20 <NA> <NA> Orphan 300
#> 21 <NA> <NA> Traced 319
#> 22 <NA> <NA> <NA> 302
#> 23 <NA> <NA> <NA> 382
#> 24 <NA> <NA> Orphan 259
#> 25 <NA> <NA> <NA> 308
#> 26 <NA> <NA> Orphan 183
#> 27 <NA> <NA> Anchor 281
#> 28 <NA> <NA> <NA> 305
#> 29 <NA> <NA> Orphan 289
#> 30 <NA> <NA> Traced 268
#> 31 <NA> <NA> Orphan 235
#> 32 <NA> 55370,49498,124300 <NA> Anchor 232
#> 33 <NA> <NA> Orphan 279
#> 34 <NA> <NA> Orphan 275
#> 35 <NA> <NA> Orphan 256
#> 36 <NA> <NA> Traced 254
#> 37 <NA> <NA> Orphan 204
#> 38 <NA> <NA> Orphan 327
#> 39 <NA> <NA> Orphan 128
#> predictedNtConfidence predictedNt celltypeTotalNtPredictions
#> 1 0.4727293 unclear 1343
#> 2 0.8640445 gaba 809
#> 3 0.6559761 gaba 322
#> 4 0.9675383 acetylcholine 423
#> 5 0.8797594 acetylcholine 604
#> 6 0.8599118 gaba 225
#> 7 0.9679350 acetylcholine 447
#> 8 0.6701043 gaba 322
#> 9 0.8887218 gaba 321
#> 10 0.8569361 gaba 245
#> 11 0.9744267 acetylcholine 421
#> 12 0.8789750 gaba 222
#> 13 0.8515577 acetylcholine 465
#> 14 0.9720145 acetylcholine 401
#> 15 0.8536807 gaba 211
#> 16 0.8461176 gaba 318
#> 17 0.5412667 gaba 247
#> 18 0.8711325 gaba 292
#> 19 0.8838590 acetylcholine 267
#> 20 0.9679516 acetylcholine 300
#> 21 0.6035618 acetylcholine 319
#> 22 0.9583629 acetylcholine 302
#> 23 0.7435609 acetylcholine 382
#> 24 0.8152437 glutamate 259
#> 25 0.9744267 acetylcholine 308
#> 26 0.8818263 gaba 183
#> 27 0.9640780 acetylcholine 281
#> 28 0.9680637 acetylcholine 305
#> 29 0.8532677 gaba 289
#> 30 0.8225566 acetylcholine 268
#> 31 0.8041940 gaba 235
#> 32 0.8845356 gaba 232
#> 33 0.9709598 acetylcholine 279
#> 34 0.8977834 gaba 275
#> 35 0.8591303 gaba 256
#> 36 0.8091965 glutamate 254
#> 37 0.9364202 acetylcholine 204
#> 38 0.9744267 acetylcholine 327
#> 39 0.8357897 gaba 128
#> celltypePredictedNt celltypePredictedNtConfidence consensusNt voxels
#> 1 unclear NA unclear 1275432396
#> 2 unclear NA gaba 476087509
#> 3 unclear NA gaba 278587841
#> 4 unclear NA acetylcholine 416129220
#> 5 unclear NA acetylcholine 183037288
#> 6 unclear NA gaba 199021086
#> 7 unclear NA acetylcholine 204307113
#> 8 unclear NA gaba 164205396
#> 9 unclear NA gaba 833342245
#> 10 unclear NA gaba 185592243
#> 11 unclear NA acetylcholine 217610342
#> 12 unclear NA gaba 172460933
#> 13 unclear NA acetylcholine 244236620
#> 14 unclear NA acetylcholine 291166682
#> 15 unclear NA gaba 137277535
#> 16 unclear NA gaba 118186516
#> 17 unclear NA gaba 139035186
#> 18 unclear NA gaba 566895848
#> 19 unclear NA acetylcholine 130934995
#> 20 unclear NA acetylcholine 127874261
#> 21 unclear NA acetylcholine 148541348
#> 22 unclear NA acetylcholine 393057814
#> 23 unclear NA acetylcholine 142895359
#> 24 unclear NA glutamate 115258843
#> 25 unclear NA acetylcholine 291580020
#> 26 unclear NA gaba 118445955
#> 27 unclear NA acetylcholine 389656375
#> 28 unclear NA acetylcholine 309045905
#> 29 unclear NA gaba 135641183
#> 30 unclear NA acetylcholine 66258699
#> 31 unclear NA gaba 115459022
#> 32 unclear NA gaba 491114015
#> 33 unclear NA acetylcholine 229596508
#> 34 unclear NA gaba 169169631
#> 35 unclear NA gaba 230638948
#> 36 unclear NA glutamate 93097711
#> 37 unclear NA acetylcholine 88932916
#> 38 unclear NA acetylcholine 176044266
#> 39 unclear NA gaba 129131037
#> soma
#> 1 FALSE
#> 2 FALSE
#> 3 FALSE
#> 4 FALSE
#> 5 FALSE
#> 6 FALSE
#> 7 FALSE
#> 8 FALSE
#> 9 FALSE
#> 10 FALSE
#> 11 FALSE
#> 12 FALSE
#> 13 FALSE
#> 14 FALSE
#> 15 FALSE
#> 16 FALSE
#> 17 FALSE
#> 18 TRUE
#> 19 FALSE
#> 20 FALSE
#> 21 FALSE
#> 22 FALSE
#> 23 FALSE
#> 24 FALSE
#> 25 FALSE
#> 26 FALSE
#> 27 FALSE
#> 28 FALSE
#> 29 FALSE
#> 30 FALSE
#> 31 FALSE
#> 32 TRUE
#> 33 FALSE
#> 34 FALSE
#> 35 FALSE
#> 36 FALSE
#> 37 FALSE
#> 38 FALSE
#> 39 FALSE
# }
library(dplyr)
# Which neurons don't have a superclass, but possibly should
mnm.nsc=mcns_neuprint_meta("where:NOT exists(n.superclass)")
mnm.nsc %>% count(statusLabel)
#> statusLabel n
#> 1 0.5assign 11
#> 2 Anchor 271
#> 3 Hard to trace 42
#> 4 Leaves 416
#> 5 Orphan 3458
#> 6 Orphan hotknife 975
#> 7 Orphan-artifact 1938
#> 8 Out of scope 2045
#> 9 PRT Orphan 77
#> 10 Partially traced 12
#> 11 Prelim Roughly traced 18
#> 12 RT Hard to trace 1
#> 13 Reviewed 3
#> 14 Roughly traced 1
#> 15 Sensory Anchor 80
#> 16 Soma Anchor 196
#> 17 Will be merged 167
#> 18 <NA> 169
# neurons that are RT or PRT should probably have a superclass
mnm.nscprt=mcns_neuprint_meta("where:NOT exists(n.superclass) AND n.statusLabel CONTAINS 'Roughly'")
mnm.nscprt %>% count()
#> n
#> 1 19